Atendiendo al art.9 de los Estatutos de EAPN Euskadi, el gobierno y la administración de la Federación están a cargo de los siguientes órganos colegiados:

• La Asamblea general de entidades socias como órgano supremo
• La Junta Directiva, como órgano colegiado de dirección permanente e integrada por 5 miembros  para desempeñar la funciones de Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero y Vocal

Desde 2007, la Junta directiva está conformada por las siguientes personas:

• Presidente: Juan Ibarretxe Karetxe
• Vicepresidente: Jesus Castanedo Torre
• Secretaria: Irma del Valle Araluce
• Tesorero: Aitor Gazteluiturri Santiago
• Vocal: Borja Doval Cormenzana

Los cargos que componen la Junta Directiva se eligen por la Asamblea General con una duración de 3 años, salvo revocación expresa de aquélla, pudiendo ser objeto de reelección.